Na terenie Centrum Pomocy Humanitarnej powstało Miasteczko Medyczne – całodobowy punkt medyczny, w którym pracują zespoły ratownictwa medycznego. Miasteczko składa się z 10 gabinetów lekarskich, wyposażonych w profesjonalny sprzęt medyczny. Wśród nich znalazły się gabinety do reanimacji, obserwacyjny, ginekologiczny, pediatryczny, internistyczne i zabiegowe Dostarczone zostały również 3 defibrylatory. Przygotowywany został również punkt szczepień przeciw Covid-19. Ponadto, całość zabezpieczają dwa ambulanse oraz dwa samochody osobowe do poruszania się po terenie obiektu. Wydzielone zostało również lądowisko dla helikoptera Lotniczego Pogotowia Ratunkowego.. Dodatkowo w każdą sobotę i niedzielę jest zapewniona dla przebywających w Centrum Pomocy Humanitarnej również opieka stomatologiczna – dentobus.
Oprócz tego w każdej z hal bez zmian funkcjonują punkty medyczne. Opieka medyczna jest koordynowana przez Mazowiecki Urząd Wojewódzki, a zapewniona dzięki podmiotom takim jak: Luxmed, Centrum Medyczne CMP, First Responder, Fundacja Wsparcia Ratownictwa RK, Rescue Team, Pogotowie Mazovia, CortenMedic oraz medykom z Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego i wolontariuszom.
Wydział Bezpieczeństwa i Zarządzania Kryzysowego, MUW zorganizował również na terenie Centrum Pomocy Humanitarnej dyspozytornię medyczna. Dodatkowo zapewnione jest także wsparcie psychologów wolontariuszy.